13e, 14e, 15e... : dans nos toilettes, on compte les vagues de Covid et ses différents variants

Après avoir surveillé près de 200 stations au plus fort de la crise du Sars-Cov-2, le réseau Obépine continue de contrôler une trentaine de stations d’épuration. A quel niveau circule actuellement le virus selon les analyses dont vous disposez ?

Pr. Vincent Maréchal : Une trentaine de stations d’épuration, cela nous permet d’avoir une bonne visibilité sur la situation actuelle. On a donc bien vu arriver la vague qu’on connaît actuellement, alors que le virus avait largement reculé à la fin du printemps. Pour la première fois depuis le début des observations, dans certains endroits, il n’y avait plus aucun signal du virus dans les eaux usées. Les nouveaux signaux sont réapparus entre la fin du mois de juin et le début juillet. Depuis, cette vague s’est largement confirmée.

A quel degré ?

Cette vague, avec la réouverture des écoles et des activités professionnelles, s’élève aujourd’hui à un niveau modéré mais très significatif. Par exemple, à Rouen, la reprise est significative depuis début juillet. On se situe actuellement à environ un quart du pic observé sur cette ville au plus fort de la crise en hiver 2021. Le niveau de circulation est assez comparable, sur certaines grandes villes, au niveau de circulation des rentrées précédentes.

Doit-on s’attendre à un hiver difficile sur ce plan, comme en 2021 ?

Il est difficile de faire des projections à moyen terme. Le principal indicateur est celui de l’impact de la maladie sur la tension hospitalière. On en est à la 14^e ou 15^e vague de l’épidémie, l’immunité collective est normalement plus solide et les vaccins utilisés à partir du 2 octobre devraient être plus efficaces. On verra comment l’immunité collective agit et quelle efficacité auront les vaccins. On sait que la vague est bien présente, dans une saison qui est favorable aux virus, mais on ne sait pas jusqu’où elle montera.

14^e ou 15^e vague en 3 ans et quelques mois d’épidémie. Qu’est-ce que cela dit du Sars-Cov-2 ?

Le Sars-Cov-2 est presque devenu un virus endémique. Il n’est pas vraiment saisonnier car on a des pics pratiquement tous les deux mois, deux mois et demi. Ils évoluent en fonction de la capacité du virus à produire des formes d’échappement à la réponse immunitaire. La virulence des variants actuels ne semble pas plus importante que pour les formes précédentes. Toutefois, éviter d’attraper la Covid semble rester une bonne chose. Mais on voit bien que les messages de prévention ne percutent plus et que le virus circule bel et bien.

Qu’apporte la surveillance des eaux usées, par rapport aux autres outils de surveillance traditionnelle (chiffres des urgences, de SOS Médecins) ?

Aujourd’hui et à fortiori dans une situation où les tests individuels sont extrêmement réduits, il s’agit d’un excellent outil pour suivre le virus. Il est particulièrement pertinent quand le taux de dépistage est très faible, comme aujourd’hui. Ce suivi permet d’informer les autorités sur la dynamique du virus mais aussi de caractériser le virus.

C’est-à-dire ?

Surveiller les eaux usées permet d’assurer un suivi génomique. Être capable de séquencer le virus chez les porteurs est une information importante aujourd’hui alors qu’on effectue désormais très peu de séquençages. On peut détecter dans les eaux usées les variants dès leur émergence. En outre, Obépine pourra bientôt calculer la proportion de ces variants parmi les formes installées. Par exemple, Pascal Barbry, collaborateur d’Obépine, a détecté le variant Pirola, dernier variant du Covid, dans les eaux usées de Nice. Ces eaux renseignent sur la dynamique et la nature d’un virus. L’idée est de décliner cela à d’autres virus.

Lesquels ?

On sait aujourd’hui qu’on peut suivre à travers les eaux usées énormément d’infections respiratoires, la grippe A, la grippe B, le virus syncitial (responsable de la bronchiolite, ndlr) … Nous travaillons également sur une plateforme de recherche et suivi des virus émergents ou potentiellement émergents dans les eaux usées, sur une demande de France 2030. Si ce projet aboutit, on surveillera la dengue, mais aussi West Nile et Usutu qui circulent en Nouvelle-Aquitaine. Les arboviroses sont un axe de développement. Idem pour la surveillance des maladies sexuellement transmissibles, avec un intérêt particulier pour le suivi des HPV.